Ege Üniversitesi Mühendislik Fakültesi Biyomühendislik Kısmı Dr. Öğretim Üyesi Yasin Kaymaz’ın yürütücülüğünü yaptığı, Hacettepe Üniversitesi öğretim üyesi Prof. Dr. Güneş Esendağlı, Ege Üniversitesi öğretim üyesi Doç. Dr. Ayşe Caner, Antalya Bilim Üniversitesi öğretim üyesi Doç. Dr. Hilal Kazan’ın araştırmacı olarak yer aldığı “Tümörle ilişkili makrofajların plastisitelerinde alternatif transkript izoformlarının biyobelirteç özelliklerinin tek hücre RNA sekanslama yaklaşımı ile araştırılması’ başlıklı proje, Türkiye Sıhhat Enstitüleri Başkanlığı (TÜSEB) Araştırma ve Geliştirme Projelerini Destekleme Programı kapsamında dayanak aldı.
Ege Üniversitesi Rektörü Prof. Dr. Necdet Budak, üretken bilim insanı Dr. Öğretim Üyesi Yasin Kaymaz’ı tebrik ederek muvaffakiyetler diledi.
Proje ile ilgili bilgi veren Dr. Öğretim Üyesi Yasin Kaymaz, “Dokuların homeostazını sağlama, patojenlere karşı savunma ve doku zedelenmesi sonrası iyileşmede rol almalarıyla bilinen makrofajlar polarize alt kümeleri tümör dokusu içine infiltre olarak da tümörü destekleyici ya da önleyici roller alabilmektedirler. Bu farklılaşmış rolleri tetikleyen yahut işlevler ortası geçişgenliği sağlayan temel moleküler düzenekler şimdi büsbütün açıklık kazanmamıştır. Makrofajların işlevsel olarak özelleşmeleri ile micro RNAların ilişkili bulunması 3’-UTR üzerinden regülasyonların varlığını işaret etmekte ve alternatif poliadenilasyon ile oluşan transkript izoformlarının tespit edilmesinin ehemmiyeti vurgulamaktadır. Tek hücre RNA sekanslama teknolojilerinin ilerlemesi ile birlikle bu alakaların moleküler nedenleri doku gürültüsünden uzaklaşmış̧, misal genetik programa sahip hücre çeşitleri üzerinde araştırılma imkânı bulmaktadır. Bu proje makrofaj polarizasyonu ile oburlaşan işlevsel alt hücre kümelerine mahsus alternatif poliadenilasyon profillerinin tespit edilmesi ve bu özelleşmiş̧ kümelerin tümör mikro etrafındaki dağılımının belirlenmesini amaçlamaktadır” diye konuştu.
Araştırmanın maksatlarından bahseden Dr. Öğretim Üyesi Yasin Kaymaz, “Tek hücre sekanslama bilgilerinden alternatif poliadenilasyon dataları açısından ele alabilen biyoinformatik tahlil algoritmaları geliştirmektir. Geliştirilecek modellerde referans verisi olarak kullanılmak üzere makrofaj polarizasyonu deneyleri gerçekleştirmektir. Küçük hücreli dışı akciğer kanseri tümör mikro etrafında tümörle bağlantılı makrofajların özelleşmiş̧ alt kümelerinde biyobelirteç olma potansiyelindeki transkript farklılaşmalarını incelemektir ”dedi.
Dr. Öğretim Üyesi Yasin Kaymaz, “Bu çalışmada planlanan tek hücre sekanslama datalarını özelleşmiş̧ alt makrofaj kümelerinin karakterizasyonu hedefiyle farklı bir bakış açısı ile biyoinformatik açıdan işleme projenin özgün yaklaşımıdır. Küresel transkriptom ölçekte özelleşmiş makrofaj alt kümelerinin UTR uzunluğu değişimleri ile potansiyel mikro RNA temelli regülasyonlar ortasında alaka kurulması açısı çalışmanın bir öteki özgün pahasıdır. Ayrıyeten makrofaj polarizasyonu ardından üretilecek tek hücre RNA sekans bilgileri TAM’ların aydınlatılmasında bir referans modeli olarak kullanılacak olması projenin değerli bir özgün yaklaşımıdır. Bu proje ile tümörle bağlı makrofajların alt kümelerinin biyomarkörleri olma potansiyelinde transkriptomik farklılıkların tek hücre sekanslama dataları ile elde edilme imkânı sağlanmaktadır. Biyoinformatik algoritma geliştirme süreci, denetimli deney ile referans verisi üretimi, hücre alt kümelerini belirleyen model geliştirilmesi ve geliştirilen modelin tümör biyopsi örneğinde test edilmesi halinde 4 ana safhadan oluşan proje 9 iş paketi içermektedir. 24 ay içinde tamamlanması planlanan bu proje çeşitli basamaklarında Ege Üniversitesi, Hacettepe Üniversitesi ve Antalya Bilim Üniversitesi iş birliği sayesinde gerçekleştirilecek olup hayli interdisipliner alanların (biyoinformatik, bilgisayar mühendisliği, immünoloji, moleküler onkoloji) etkileşimi ve akademik üretkenliğini artıracaktır. Son teknoloji moleküler tekniklerden tek hücre RNA sekanslama usullerinin en düşük maliyetli ve yüksek verimlilikte bir metodunu ülkemizde birinci sefer uygulama fırsatı verecek bu proje bu tarafıyla de teknoloji transferi imkânı sunma potansiyeliyle ve ülkemize hem ekonomik hem de akademik açıdan büyük katkılar sağlayacaktır. Ayrıyeten projenin biyoinformatik geliştirme ve laboratuvar tecrübelerinde faal rol alacak lisansüstü ve doktora öğrencilerini yetiştirme istikametiyle de akademiye katkısı olacaktır” diye konuştu.
Kaynak: (BYZHA) – Beyaz Haber Ajansı
